Возможность выполнить файл как программу сама по себе ещё не означает, что файл будет выполнен. Необходимо также, чтобы файл содержал программу в одном из допустимых форматов. Это либо двоичный исполняемый формат ELF, либо скрипт, написанный на каком-либо командном языке. В любом из этих случаев файл должен содержать определённые отличительные признаки. При отсутствии таких признаков попытка запустить исполняемый файл закончится неудачей.

Для того, чтобы исполняемый файл мог быть исполнен, он как минимум должен быть прочитан. Таким образом, есть смысл, разрешая кому-нибудь выполнение файла, разрешить также и его чтение.

В отличие от некоторых других операционных систем в Linux имя файла (или окончание имени) не служит признаком исполняемого файла. Так, окончания имени файла .EXE, .COM, .BAT, .CMD операционную систему ни к чему не обязывают. Однако такое поведение можно изменить специальной настройкой. Можно сделать, к примеру, так, чтобы исполняемые файлы, чьё имя оканчивается на .EXE (это обычное окончание имени исполняемого файла DOS/Windows при попытке их запустить исполнялись бы в эмуляторе DOS/Windows (скажем, dosemu или wine).