Важная часть любой операционной системы — её файловая система. Файловые системы в зависимости от своего внутреннего устройства бывают разных видов. В Linux поддерживаются многие из них: ext2 и ext3 («родная» файловая система Linux), msdos (как нетрудно догадаться, применяемая в Microsoft DOS), vfat (применяется в Microsoft Windows 95|98), ntfs (Microsoft Windows NT|2000|XP), iso9660 (обычный тип файловой системы на дисках CDROM), и некоторые другие.

После разбиения диска на разделы на каждом из них можно создать файловую систему. В DOS и Windows каждый из разделов назывался буквой (к примеру, C:), и полное имя файла должно было содержать эту букву в начале (C:\DOS\ANSI.SYS). В каждый момент времени какой-то раздел является текущим, и сменить его можно, набрав в командной строке имя нового раздела (к примеру, D:). Если мы ссылаемся на файл, имя которого не начинается с буквы раздела, то молчаливо предполагается текущий.